Одна из «фич» PHP-FPM — возможность запуска дочерних процессов в chroot окружении. В теории, это должно значительно увеличить безопасность системы засчет изоляции процесса исполняющего скрипт, т. е. если злоумышленник получит контроль над системой используя уязвимость PHP, то он выше той папки, в которой запущен процесс PHP-FPM, он не уйдет.
На практике, к сожалению, все далеко не столь радужно.