Любому администратору известно, что намного удобнее работать с конфигами логически разделенными на файлы. Это позволяет облегчить процесс автоматизации, да и найти нужную информацию так легче.
Увы, но с конфигурационным файлом HAProxy так не получится. В нем нет директивы include ни в каком виде.